Introduction

Depuis plusieurs millénaires, les activités humaines, et en particulier l’agriculture, ont conduit à la transformation progressive d’une grande partie de la surface terrestre. L’exploitation de la biodiversité a permis aux systèmes agricoles d’évoluer  dans plusieurs régions du monde. Toutefois, cette biodiversité est en train de disparaître à un rythme alarmant, mettant en péril la durabilité des services fournis par les écosystèmes et l’agriculture, et leur capacité à s’adapter à des conditions changeantes. Face à cette situation, La conservation et l’utilisation durable de la diversité biologique sont essentielles pour l’avenir de l’agriculture et de l’humanité. Dans le même temps, l’agriculture biologique apparaît aujourd’hui comme un système prônant la protection de l’environnement. Quel pourrait donc être son impact sur la conservation de la biodiversité. L’agriculture biologique conserve-t-elle mieux la biodiversité que l’agriculture conventionnelle.

 

 

 

I.                   Généralités  sur les types d’agriculture et la biodiversité

 

1.1.         Agriculture biologique

L’agriculture biologique est un système de production agricole spécifique qui exclut l’usage d’engrais et de pesticides de synthèse, et d’organismes génétiquement modifié. Il s’agit d’un système de production agricole basé sur le respect du vivant et des cycles naturels[], qui gère de façon globale la production en favorisant l’agroécosystème mais aussi la biodiversité, les activités biologiques des sols et les cycles biologiques. Les agriculteurs qui pratiquent ce type d’agriculture misent, par exemple, sur la rotation des cultures, l’engrais vert, le compostage, la lutte biologique, l’utilisation de produits naturels comme le purin d’ortie, et le sarclage mécanique pour maintenir la productivité des sols et le contrôle des maladies et des parasites.

L’agriculture biologique est basée sur quatre principes fondamentaux que sont :

Ø  Principe de santé

L’agriculture biologique devrait soutenir et améliorer la santé des sols, des plantes, des animaux, des hommes et de la planète comme étant une et indivisible. Ce principe souligne que la santé des individus et des communautés ne peut être séparée de la santé des écosystèmes. Un sol sain produit une culture saine qui donnera la santé aux animaux et aux personnes.

Ø  Principe d’écologie

L’agriculture biologique devrait être basée sur les cycles et les systèmes écologiques vivants, s’accorder avec eux, les imiter et les aider à se maintenir. Ce principe enracine l’agriculture biologique  dans les systèmes écologiques vivants. Il fait état que la production doit être basée sur des processus écologiques et de recyclage.

Ø  Principe d’équité

L’agriculture biologique devrait se construire sur des relations qui assurent l’équité par rapport à l’environnement commun et aux opportunités de la vie. L’agriculture bio devrait fournir une bonne qualité de vie à chaque personne engagée et contribuer à la souveraineté et à la réduction de la pauvreté.

Ø  Principe de précaution

L’agriculture biologique  devrait être conduite de manière prudente et responsable afin de protéger la santé et le bien être des générations actuelles et futures ainsi que de l’environnement. Les acteurs de l’agriculture bio peuvent améliorer l’efficacité et augmenter la productivité, mais ceci ne devrait pas se faire au risque de mettre en danger la santé et le bien-être. Ce principe établit que la précaution et la responsabilité sont les points clés des choix de gestion, de développement et de technologie en agriculture bio.

1.2.         Agriculture conventionnelle

1.2.1.      Définition

L’agriculture conventionnelle est un système de production agricole caractérisé par l’usage important d’intrants, et cherchant à maximiser la production par rapport aux facteurs de production, qu’il s’agisse de la main d’œuvre, du sol ou des autres moyens de production (matériel, intrants divers) . Elle est parfois appelée, péjorativement, agriculture productiviste.

1.2.2.      Caractéristiques

Elle intègre en permanence les progrès techniques permis par l’avancée des connaissances agronomiques et scientifiques. Elle se caractérise par une réduction de la durée de la jachère, l’usage optimum d’engrais chimiques, de traitements herbicides, de fongicides, d’insecticides, de régulateurs de croissance, de pesticides et d’OGM (organisme génétiquement modifié).

1.2.3.      Avantages

L’agriculture moderne a indéniablement permis d’augmenter la production agricole, tout en améliorant globalement la sûreté alimentaire. Elle permet aussi une diminution de la main d’œuvre, de l’énergie physique et du temps de travail, une grande productivité et rentabilité, une limitation de la déforestation. Elle permet également l’acquisition de produits alimentaires à peu de frais car le coût de la production est également réduit.

 

1.2.4.      Inconvénients

Les méthodes de l’agriculture moderne ont des conséquences négatives sur l’environnement parmi lesquelles on a :

·         la pollution des eaux de l’air et des sols par les pesticides (produits phytosanitaires)

·         pollution, régression et dégradation des sols, notamment par les métaux (cadmium issu des engrais phosphatés, plomb, cuivre et autres métaux issus d’anciens pesticides)

·         érosion de la biodiversité ayant conduit localement à l’extinction de nombreuses espèces animales (dont des papillons, abeilles, guêpes, coléoptères, reptiles, amphibiens)

·         érosion des sols, source de turbidité des cours d’eau, des estuaires et zones marines (via les sédiments en suspension et/ou les blooms algaux)]

·         problèmes de santé environnementale liés aux pesticides notamment

Enfin, l’agriculture produit également des déchets, et ce d’autant plus que le mode de production est intensif et peu diversifié (matières plastiques,…). Elle est une source importante d’ammoniac et de méthane (gaz à effet de serre 21 fois plus puissant que le CO2).

1.3.         La biodiversité

La Convention sur la biodiversité écologique du 5 juin 1992 a défini le terme de biodiversité comme étant « la variabilité des organismes vivants de toute origine y compris, entre autres, les écosystèmes terrestres, marins et autres écosystèmes aquatiques et les complexes écologiques dont ils font partie; cela comprend : la diversité écologique (ou diversité des écosystèmes), la diversité spécifique (diversité des espèces ou interspécifique), la diversité génétique (ou intraspécifique). La biodiversité concerne donc tout le vivant et la dynamique des interactions au sein du vivant, qu’il soit naturel (biodiversité sauvage) ou bien géré par l’homme (biodiversité domestique).

La biodiversité fournit à la fois la base de l’agriculture, la variation spécifique et génétique des cultures et du bétail et, à travers son rôle dans les fonctions et services de l’écosystème, la fondation de la production.

La biodiversité agricole est un terme qui englobe toutes les composantes de la biodiversité aux nivea

ux génétiques, des espèces et des écosystèmes qui sont pertinentes à l’alimentation et l’agriculture et qui soutiennent les écosystèmes dans lesquels l’agriculture se déroule (agro-écosystèmes). Celle-ci comprend les espèces de cultures et de bétail, les variétés et les races au sein de celles-ci, et elle inclut également les composantes qui soutiennent la production agricole. Les composantes, au niveau des espèces, qui soutiennent les services écosystémiques comprennent la pédofaune dont  les vers de terre et les microorganismes qui contribuent à la disponibilité et au cycle des nutriments des plantes à travers la décomposition de matières organiques.

 

II.                 Agriculture biologique et conservation de la biodiversité

 

2.1.         Effets de la lutte biologique sur la conservation de la biodiversité

Les exemples de succès en lutte biologique sont évidemment nombreux et certains ont même été retentissants tant dans la lutte contre des insectes ravageurs (cochenille australienne des agrumes en Californie, cochenille du manioc en Afrique) que contre des adventices (figue de Barbarie Opuntia spp. En Australie). Pourtant, bien que cette lutte biologique soit généralement perçue par la profession agricole et le public averti comme étant une méthode respectueuse de l’environnement, surtout lorsqu’elle est comparée à la lutte chimique, et bien qu’elle soit présentée comme telle par certains scientifiques (McEvoy, 1996; Jervis, 1997), elle n’est pas dénuée de risques surtout s’il s’agit de la lutte biologique par importation, dite aussi lutte biologique classique. Les risques qu’elle véhicule sont, comme pour la lutte chimique, les effets non intentionnels sur des organismes non cibles, à l’importante différence près qu’avec cette lutte biologique, qui introduit presque toujours des nouveaux organismes de façon permanente, les effets non intentionnels, lorsqu’ils existent, sont irréversibles (Howarth, 2000) et parfois suivis de modifications profondes des écosystèmes (Vitousek et al., 1997).

 

2.1.1.      Effets de la lutte biologique contre les ravageurs des cultures sur la biodiversité

Le principal groupe concerné, en tant qu’agent importé et introduit pour la lutte biologique classique dans les agro-écosystèmes, est celui des arthropodes mais d’autres groupes le sont également à un degré moindre. Ainsi, les champignons entomopathogènes sont réputés être inoffensifs pour les espèces non cibles, donc non insectes, et sont largement utilisés dans des programmes de lutte biologique par inondation. Néanmoins, il est rapporté dans la littérature  scientifique que Beauveria bassiana cause des lésions pulmonaires et systémiques chez les reptiles (Austwick, 1980, in Howarth, 2000) et des déformations squelettiques chez certains poissons (Genthner & Middaugh, 1992).

Le cas des coccinelles est particulièrement bien documenté. Perkins (1897, in Howarth 2000) attirait le premier l’attention sur le fait que l’introduction en Amérique du Nord de ces auxiliaires zoophages européens n’était probablement pas dénuée de risques pour les coccinelles natives. Ce n’est qu’à la fin du XXe siècle que deux entomologistes travaillant indépendamment l’un de l’autre ont pu démontrer, l’un au Canada (Marshall, 1995, in Howarth, 2000), l’autre aux USA (Wheeler & Hoebeke, 1995, in Howarth, 2000), que le déclin spectaculaire dans toute son aire d’origine de la coccinelle à 9 points Coccinella novemnotata était dû à l’expansion de la coccinelle à 7 points, allochtone, C. septempunctata.

Un autre cas plus récent est celui de la coccinelle multicolore chinoise Harmonia axyridis, qui est rapportée par de nombreuses publications comme étant responsable, en Europe et en Amérique du Nord où elle continue sa progression, de la raréfaction d’espèces plus petites de coccinelles natives. Ces dernières pâtissent soit d’une compétition accrue pour leurs ressources (pucerons) et ces coccinelles recourent alors à un certain degré de cannibalisme à l’encontre de leurs œufs (Cottrell, 2005), soit de prédation intraguilde (Kajita et al., 2000; Michaud, 2002; Snyder et al., 2004), dont peuvent souffrir également des auxiliaires aphidiphages  et d’autres groupes comme des cécidomyies et des chrysopes (Gardiner & Landis, 2007).

Enfin, certains effets de l’introduction d’agents de lutte biologique par importation peuvent être indirects. Ainsi, le papillon diurne Maculina arion s’est éteint en Grande-Bretagne où il était endémique et déjà menacé, en grande partie à cause des effets trophiques indirects induits par l’importation du virus de la myxomatose : les lapins ayant été presque décimés, une graminée dont ils se nourrissaient est devenue dominante et a presque éliminé une autre graminée dont une fourmi (Myrmica sabulati) avait besoin pour établir sa colonie, et cette fourmi ayant donc quasiment disparu, le papillon qui dépendait d’une relation symbiotique au stade larvaire avec cette dernière, a disparu à son tour (Putman & Moore, 1998).

 

L’utilisation de pesticides dérivés de plantes est une méthode de lutte très ancienne. Malheureusement, ce savoir s’est perdu rapidement, en particulier là où les pesticides chimiques ont été introduits. L’utilisation de pesticides naturels est peu couteuse et ne rend pas les agriculteurs dépendant des intrants d’origine extérieure. Toutefois, certains pesticides naturels peuvent aussi être toxiques pour l’homme et les animaux. Il faut donc prendre de grandes précautions en appliquant des matières toxiques comme la nicotine du tabac. De nombreuses plantes ont des capacités défensives ou mortelles contre les vertébrés, les insectes, les mites, les nématodes, les champignons ou les bactéries. Les effets mortels ou défensifs ne sont généralement pas le résultat d’un seul composé mais d’un mélange de matières actives, de sorte que les chances de voir l’organisme ravageur acquérir une résistance sont faibles (Stoll 1986, Projet Consult, 1986).

 

2.1.2.      Effets de la lutte biologique contre les adventices sur la biodiversité

La lutte biologique contre les mauvaises herbes apparaît comme une méthode naturelle et élégante de gérer les populations de mauvaises herbes. L’utilisation d’agents biologiques a été marquée par de nombreux succès dans la lutte contre les plantes envahissantes comme dans le cas du contrôle des espèces du genre Opuntia (Charudattan, 1982) ou dans le cas d’espèces aquatiques comme les fougères du genre Azolla (Heard, Hawes et al., 2003). Pour les mauvaises herbes des cultures, la lutte biologique est parfois perçue comme une solution de gestion idéale en particulier pour les systèmes en agriculture biologique.

Différentes méthodes (agents biologiques, bioherbicides, herbivores…) ont été testées, mais un certain nombre de difficultés compliquent la mise en place de telles pratiques (Watson, 1992). Si en système intensif, l’utilisation de fongicides et d’insecticides peut considérablement gêner l’efficacité des organismes chargés de lutter contre les mauvaises herbes, d’autres problèmes pratiques apparaissent en dehors de celui du risque de l’introduction d’un organisme biologique allochtone pour lutter contre une espèce native. Les mauvaises herbes de nos systèmes de culture ne sont pas strictement inféodées aux parcelles cultivées et les populations des bordures ne doivent en théorie en aucun cas être touchées par l’agent biologique. La proximité botanique entre certains adventices et certaines plantes cultivées obligent à une spécificité extrême de l’agent biologique (Watson, 1992). De plus, les espèces complètement inféodées à l’agro-écosystème et qui pourraient donc en théorie faire l’objet de lutte biologique, ne sont que rarement des espèces à fort potentiel de nuisibilité et font plutôt l’objet de sauvegarde. Si la striga (Striga hermonthica), mauvaise herbe parasite en Afrique, a été en grande partie contrôlé grâce à l’utilisation d’une rouille (Ciotola, 1995), les résultats obtenus par ailleurs sont plutôt mitigés (Watson, 1992). Mais des travaux actuellement en cours montrent que le potentiel de lutte biologique contre des adventices majeures telles que Amaranthus retroflexus ou Senecio vulgaris en système de grandes cultures est réel. La nécessité de la mise au point de nouvelles techniques et l’intégration de ces pratiques innovantes grâce à une meilleure connaissance de la biologie des mauvaises herbes constituent des enjeux importants dans le cadre de la gestion intégrée des populations adventices. L’utilisation de différents types d’animaux herbivores reste limitée à des situations précises (Popay, 1996; Ghosheh, 2005). Cependant, la lutte biologique apparaît surtout appropriée dans le cas des prairies et des pâturages avec une espèce dominante comme mauvaise herbe, comme dans les cas de Centaurea solstitialis, Euphorbia esula ou Chondrilla juncea (Quimby, 1991; Shiskoff, 1993) ou dans le cas d’espèces envahissantes telle que l’ambroisie à feuilles d’armoise (Ambrosia artemisiifolia) (Reznik, 1991).

 

2.2.         Effets de la fertilisation sur la conservation de la biodiversité

Plusieurs éléments des itinéraires techniques mis en œuvre par les agriculteurs en même temps que la fertilisation influent directement sur la biodiversité, et ce indépendamment des pratiques de fertilisation : les traitements phytosanitaires, le travail du sol, etc. Néanmoins, l’accroissement des apports de fertilisants se traduit principalement à deux niveaux :

-          i) sur la biodiversité des organismes du sol, directement concernés par l’évolution physico-chimique de l’environnement sol,

-           ii) sur la biodiversité des organismes liés au statut nutritionnel des plantes, avec une modification des chaînes trophiques.

A côté de ces impacts à l’échelle de la parcelle agricole, des impacts peuvent être constatés dans les écosystèmes aquatiques (rivières et milieux marins) en raison du lessivage des minéraux et de l’eutrophisation qui en découle (N et P en particulier), et dans l’ensemble des écosystèmes terrestres et aquatiques en raison de la volatilisation (N en particulier) qui accroît les dépôts atmosphériques de minéraux.

L’accroissement du niveau de disponibilité des ressources qui résulte de la fertilisation se traduit par des effets généralement positifs sur l’abondance et la croissance des organismes vivants dans le sol et dans la végétation des parcelles cultivées, à condition de ne pas atteindre des seuils de toxicité. Les effets sur la richesse spécifique et la diversité sont par contre plus contrastés.

 

2.2.1.      La faune du sol

Ø  Faune du sol en général

Composts, fumiers, substances humiques sont des sources de carbone organique pour les organismes du sol, ainsi qu’une source de carbone indirecte à travers la production végétale accrue et les retours supplémentaires au sol (résidus de culture). De ce fait, ces apports organiques sont favorables à l’augmentation de la densité des organismes du sol appartenant aux différents groupes : protozoaires, nématodes microbivores, micro-arthropodes, enchytréides, vers de terre, diplopodes, chilopodes. La richesse spécifique au sein des assemblages de faune du sol peut être augmentée ; la diversité spécifique est le plus souvent modifiée et des changements d’espèces découlent souvent d’une application régulière d’engrais organiques (Wolters & Ekschmitt, 1997).

L’effet du fertilisant organique dépend de sa nature ; le lisier peut être défavorable aux vers de terre comme aux enchytréides lorsqu’il est appliqué en forte dose en raison des éléments toxiques qu’il contient (ammonium, acide benzoïque…) ou des diminutions de pH que son apport peut entraîner.

La présence d’une couverture végétale vive ou morte est favorable aux organismes du sol dans la mesure où cela constitue une ressource organique supplémentaire et contribue au maintien de conditions microclimatiques favorables (Roper & Gupta, 1995).

Lorsque les pailles de céréales sont laissées sur le sol, la richesse spécifique et l’abondance des fourmis sont augmentées, principalement du fait de l’amélioration des conditions microclimatiques en surface du sol. L’effet positif de la restitution des pailles sur les abondances de vers de terre n’est pas immédiat : dans l’étude de Fraser et Piercy (1998), il est apparu 3 ans après la mise en place de la pratique.

Les engrais vert et la restitution des pailles de céréales ont également des effets positifs sur l’abondance de la microfaune, protozoaires et nématodes, et de la mésofaune mais pas nécessairement sur la richesse spécifique (Kautz et al., 2006).

 

Ø  Macrofaune du sol

La fertilisation organique a un effet positif sur les abondances de vers de terre et également sur leur richesse spécifique, en favorisant en particulier les endogènes. L’effet positif de l’apport de fumier ne s’exprime pas toujours ; dans certains sols compactés, l’apport de fumier ne permet pas le développement des populations de vers de terre (Hansen, 1995).

Pour réduire les pertes d’azote par volatilisation lors de l’apport de fumier ou lisier, celui-ci peut être injecté dans le sol. Cette pratique réduit le nombre de vers de terre épigés. Les anéciques et les endogènes ne sont pas affectés ou sont plutôt augmentés ; aucun effet sur les densités d’enchytréides n’a été mesuré. L’apport de fumier conduit à une plus forte biomasse et densité de vers de terre que la fertilisation minérale sans toutefois induire de modification de la diversité spécifique. Quel que soit le type de fertilisant, 5 années de culture continue de maïs ont induit une diminution de la biomasse de vers de terre (Whalen et al, 1998). L’utilisation d’un compost avec préparation bio-dynamique n’a pas montré de différence avec le compost du même matériau préparé classiquement, en termes de densités et biomasses de Lumbricus terrestris.

 

Ø  Mésofaune du sol

La fertilisation n’a que peu d’effet sur la richesse spécifique et l’abondance des acariens prédateurs que sont les Gamasines alors que les Astigmates et Orbatides augmentent avec l’apport de fumier (Crossley, 1992). La réponse des Oribates dépend des situations (Neher & Barbercheck, 1999; Behen-Pelletier, 2003).

 

Ø  Microfaune du sol

La fertilisation induit une augmentation de l’abondance de la plupart des protozoaires et plus particulièrement des ciliés et des amibes ; les effets de la fertilisation organique sont plus importants que ceux de la fertilisation minérale (Bamforth, 1997).

L’apport d’engrais azotés conduit à la diminution des nématodes fongivores, omnivores et prédateurs, et à l’augmentation des populations de nématodes phytophages et bactérivores en culture continue et en prairie permanente.

2.2.2.      Les microorganismes du sol

D’une manière générale, les amendements organiques affectent positivement la diversité microbienne. Deux facteurs sont directement impliqués dans les modifications observées :

ü D’une part les matières organiques apportées constituent des sources nutritives importantes et variées ; elles peuvent de ce fait stimuler le développement de microorganismes et en premier lieu les champignons qui sont des décomposeurs pionniers (Deacon et al., 2006; Setala & McLean, 2004). Selon la nature de la matière organique (engrais vert enfoui ; fumier de bovin, de poulet ou de porc, composté ou non ; déchets d’origine végétale compostés, résidus de culture, paille…) ce sont des groupes fongiques différents qui sont naturellement sélectionnés et décomposent les molécules complexes en molécules plus simples que d’autres populations vont alors dégrader, assurant une succession de communautés dont la structure (la composition et les rapports d’abondance entre ces populations) est différente tout au long de cette dégradation. La libération de molécules plus simples et assimilables par les bactéries va ainsi stimuler le développement de populations bactériennes dont, là encore, les plus adaptées à l’utilisation des ressources trophiques fournies, vont dominer (Chu et al. 2007).

ü  D’autre part, les matières organiques apportées au sol ne sont pas indemnes de microorganismes. Les amendements constituent de ce fait un inoculum complexe qui va devoir s’installer au sein de l’inoculum naturellement présent dans les sols et donc enrichir le pool génétique du sol.

De manière plus ou moins empirique à l’origine, certains auteurs ont pu, grâce à l’apport de matières ou de substrats organiques variés stimuler le développement de microorganismes auxiliaires et contrôler biologiquement le développement de microorganismes phytopathogènes. D’une manière générale, ces amendements organiques ont un rôle positif sur le fonctionnement du sol, néanmoins la diversité peut être modifiée de manière négative par introduction de microorganismes délétères (agents phytopathogènes, agents pathogènes d’animaux et d’humains, notamment par le biais des fumiers).

 

2.3.         Effets des pratiques culturales sur la conservation de la biodiversité

 

2.3.1.      Rotations culturales

S’il est couramment suggéré que les rotations culturales induisent de plus fortes densités et diversités d’organismes du sol que les cultures continues, les expériences le démontrent rarement ; l’effet contraire est plutôt obtenu. Toutefois, les rotations, en perturbant le cycle de développement de ravageurs, de pathogènes et des adventices spécifiques à certaines cultures, sont plus favorables au contrôle de ces bioagresseurs de cultures particulières ; elles peuvent ainsi permettre une utilisation plus réduite des pesticides.

 

Ø  Insectes ravageurs et auxiliaires

Les  situations agricoles de polycultures  offrent  des agro-écosystèmes riches en diversité d’insectes et d’arthropodes par rapport aux situations de monocultures, et plus stables que ces dernières sur un plan entomologique et phytosanitaire. La simplification des rotations   est de plus considérée comme étant l’un des facteurs responsables du sévère déclin de la biodiversité en Europe (Ewald & Aebischer, 2000). La rotation des cultures, indépendamment de l’introduction de jachères, peut avoir des effets dépressifs marqués sur la dynamique de certains insectes ravageurs et au contraire des effets bénéfiques sur certains auxiliaires.

Comme souligné par Hummel et al. (2002), les effets de certains types de rotations sur la structure des communautés d’invertébrés, et notamment sur l’augmentation de leur diversité spécifique, ne sont réellement perceptibles qu’à moyen et long termes, c’est-à-dire au-delà de 5 ans environ.

 

Ø  Faune du sol

Les monocultures continues exercent un très fort stress sur les macro-organismes du sol, mais les rotations culturales diminuent la diversité spécifique de façon encore plus importante. Les rotations peuvent induire une très faible diversité de la macrofaune (diplopodes, chilopodes, myriapodes). Dans les cultures pérennes, par contre, après quelques années de restauration, la macrofaune se diversifie de façon importante (Wolters & Ekschmitt, 1997). De même, les abondances de vers de terre sont plus élevées sous cultures continues de céréales que sous des rotations ; elles sont cependant plus faibles que sous cultures pérennes (herbacées ou arborées) et sous prairies (Makeschin, 1997).

Les populations d’acariens et de collemboles sont plus abondantes dans les cultures continues (tomates) que dans les rotations (4 cultures).

 

Ø  Les microorganismes

L’introduction dans la rotation de plantes non-hôtes permet d’interrompre le cycle de développement des pathogènes spécifiques de certaines cultures de la rotation. La plante, au cours de sa croissance développe un système racinaire dans le sol modifiant ainsi la structure du sol et secrétant des  exsudats racinaires. En termes de composition, ces rhizodépôts organiques varient selon les espèces, voire les génotypes au sein d’une même espèce végétale, et le stade de développement de la plante et ils stimulent le développement de populations microbiennes.

Ainsi, la mise en culture d’une terre non cultivée a pour conséquence une perte de la diversité des différentes communautés microbiennes d’origine tellurique (bactéries, champignons, champignons mycorhizogènes ; van Elsas et al., 2002). Néanmoins, cette érosion de la diversité est moins importante dans un système de rotation qu’en monoculture. La composition de la rotation peut également avoir une incidence sur la préservation de la diversité bactérienne (Larkin, 2003; Larkin & Honeycutt, 2006). La diversité bactérienne dans la rhizosphère du blé après une culture de légumineuses est plus importante que celle mesurée après un précédent blé ou un sol nu. D’une manière générale, il semblerait que l’introduction de légumineuses dans les rotations ait un effet positif sur la diversité microbienne se traduisant en outre par une réduction de la gravité des maladies d’origine tellurique (Kloepper et al., 1999).

Outre les rhizodépôts pendant la croissance des plantes qui déterminent la structure et les activités des communautés microbiennes dans le sol, les résidus post récolte ont un rôle dans l’établissement et le maintien d’une diversité microbienne (Govaerts et al., 2007). La décomposition de ces résidus stimule une partie de la microflore, établissant un gradient dans la structure des communautés microbiennes depuis le sol jusqu’aux résidus.

La rotation peut inclure également des cultures intermédiaires.  Les plantes de la famille des cruciféracées et des alliacées libèrent dans le sol des molécules toxiques (isothiocyanates, thiosulfinates et zwiebelanes) et biocides pour certains arthropodes, nématodes ou champignons. Le développement de champignons appartenant aux espèces Rhizoctonia solani, Phytophthora erythroseptica, Pythium ultimum, Sclerotia sclerotiorum, Fusarium sambucinum est affecté négativement (Larkin & Griffin, 2007), de même que celui de nématodes comme Pratylenchus penetrans ou de bactéries du groupe des Pseudomonas fluorescents (Cohen et al., 2005).

Par contre, dans d’autres conditions pédoclimatiques, certains champignons phytopathogènes ne sont pas affectés (R. solani), voire sont stimulés (Pythium sp.) de même que des bactéries productrices d’antibiotiques (Streptomyces spp.) ou d’oxyde nitreux.

Le mélange variétal au sein d’une parcelle a également des effets sur la diversité microbienne avec des conséquences positives pour la santé des plantes. L’augmentation de la diversité végétale réduit significativement l’extension de l’épidémie et parallèlement conduit à une augmentation de la diversité des populations d’agents phytopathogènes qui, paradoxalement, est bénéfique à la culture (Mitchell et al., 2002). En effet, la présence d’espèces végétales, de variétés ou de cultivars différents dans une ou des parcelles adjacentes se traduit au sein de la population d’agents phytopathogènes par une compétition entre les différents pathotypes présents au sein de cette population. Ainsi les différents pathotypes coexistent mais s’autorégulent et aucun ne prédomine.

 

2.3.2.      Les associations culturales

L’association des cultures semble généralement avoir des effets positifs en termes de diminution de l’apparition d’insectes nuisibles, de maladies et de plantes adventices.

Une étude des recherches consacrées à 198 espèces d’insectes a révélé que l’association des cultures provoquait une diminution de la population des insectes dans 53% de l’ensemble des combinaisons insecte/culture, une augmentation dans 18% des combinaisons, aucun effet dans 9% et une réponse variable dans 20%. La possibilité de voir diminuer le nombre de ravageurs est beaucoup plus mince lorsque l’association des cultures comprend plus d’une plante-hôte pour l’insecte en question (Andow, 1983). Un hôte peut être protégé des insectes par d’autres plantes qui le recouvrent : par exemple le chaume de riz debout peut camoufler les jeunes plants de haricot et les protéger ainsi de la mouche du haricot.

On trouve généralement plus d’ennemis naturels des insectes nuisibles dans les associations de culture que dans les cultures uniques ; les conditions de vie leur sont en effet plus favorables, puisqu’ils bénéficient d’une meilleure répartition, dans le temps et dans l’espace du nectar et du pollen. Ils disposent également d’un plus grand nombre de micro-habitats susceptibles de satisfaire leurs exigences spécifiques.

 

2.4.         Le labour et autres façons culturales

 

2.4.1.       Les adventices

Le travail du sol a constitué une des techniques de base de la gestion directe de la flore adventice dans les parcelles cultivées avant le développement des herbicides (Garola, 1919). L’ensemble de ces pratiques est encore utilisé en Agriculture Biologique.

Parmi les différentes pratiques de travail du sol, le labour apparaît comme un outil de réduction de la densité des mauvaises herbes et donc de la diversité des flores. En positionnant les semences à des profondeurs auxquelles elles ne peuvent plus lever, le labour exerce une très forte pression de sélection sur les espèces faiblement dormantes et à courte durée de vie dans le sol (graminées adventices par exemple).

Chaque type d’outils, par le travail qu’il réalise sur le sol, aura des effets variables suivant la biologie des espèces des adventices et peut, comme le cas des outils à disque, favoriser le développement d’espèces vivaces par la multiplication de leurs rhizomes (Legere & Samson, 2004).

De nombreux travaux récents s’intéressent à l’effet de la réduction du travail du sol, voire au semis direct. Les TCS (Techniques culturales simplifiées) sont réalisées dans un objectif de limitation des coûts ou de conservation du sol (lutte conte l’érosion). La majorité des résultats obtenus  et indiquent une modification de la flore adventice avec une augmentation de certaines espèces (espèces pérennes, graminées adventices).

La flore adventice pose alors un problème particulier dans la mesure où, si l’on excepte les systèmes de semis direct, la gestion intégrée et plus respectueuse de l’environnement de ces populations reposent en grande partie sur des pratiques de travail du sol qui semblent influer de façon négative sur la majorité des autres composantes biologiques de l’agrosystème.

 

2.4.2.      La faune du sol

Les effets du travail du sol sur les organismes du sol sont liés à un effet direct du travail du sol sur les organismes (déplacement : exposition aux prédateurs ; mortalité : individus sectionnés par le passage de l’engin), à une modification de leur habitat (teneur en eau, porosité, température) et enfin à une modification de la distribution spatiale des ressources organiques et minérales (ADEME, 2007).

Les groupes d’invertébrés sont diversement affectés par les techniques de labour, en fonction de leur distribution verticale, de leur mobilité et capacité de dispersion, ou de leur sensibilité à la compaction ou aux pesticides.

L’abondance des organismes de la macrofaune du sol, et en particulier des vers de terre est fortement réduite par les pratiques de labour profond ; elle est moins réduite par des pratiques plus superficielles. L’abondance relative des différentes espèces et des différents groupes fonctionnels de vers de terre est également modifiée par le labour (conservation des endogés, réduction des anéciques). En cas de labour répété et de conditions défavorables (ressources organiques faibles, conditions microclimatiques contraignantes), la richesse spécifique des communautés de macrofaune, en particulier des vers de terre est souvent réduite dans les agrosystèmes labourés, mais ce n’est pas systématique. Le nombre d’étude quantifiant la richesse spécifique est encore très faible comparativement à celles qui mesurent la biomasse des vers de terre ; or une réduction de biomasse n’est pas forcement simultanée à la perte d’espèces.

En général, le labour diminue l’abondance des larves de diptères qui se développent dans le sol, et a un effet négatif significatif sur les lépidoptères et les hyménoptères.

La profondeur de labour et le type de culture en place sélectionnent les espèces tolérantes à cette perturbation (notamment Pterostichus melanarius). Quelques espèces, supportant bien les perturbations mécaniques, peuvent atteindre de fortes abondances en systèmes de labour. En règle générale cependant, l’arrêt du labour et l’adoption de techniques culturales simplifiées, voire du semis direct, favorisent la diversité des communautés de carabes (Volkmar & Kreuter, 2006).

Les techniques culturales sans labour (TCSL) ont un impact intermédiaire entre celui du labour et celui du semis direct intégral, ce qui peut s’expliquer par la vulnérabilité plus forte, parmi les macro-arthropodes tels que les carabidés et araignées, des espèces de grande taille à une augmentation de l’intensité du travail du sol. Toutefois, même des espèces de petite taille peuvent voir leurs populations considérablement réduites par des façons culturales de forte intensité, très agressives si leur corps est à tégument mou ou peu résistant.

 

Les populations de microarthropodes sont souvent plus élevées lorsque le labour est peu profond par rapport au labour profond (Madge, 1981).

L’abondance totale des acariens Oribates et Gamasines est généralement diminuée par un travail du sol profond par rapport à un travail superficiel (Behan-Pelletier, 1999).

L’abondance et la diversité de la mésofaune,  sont réduites par la compaction des sols au passage des machines agricoles (Neher & Barbercheck, 1999).

En labour profond, le système sol est dominé par les bactéries. Les acariens astigmates, Les nématodes bactérivores et les protozoaires sont donc favorisés. En revanche dans les situations de labour réduit, le système est dominé par les champignons, avec une concentration de la matière organique en surface (Hendrix et al., 1986). On retrouve donc des réseaux trophiques plus complexes dominés par les consommateurs de champignons comme les acariens oribates, uropodes, certains prostigmates ainsi que les nématodes fongivores. Les groupes les plus omnivores, parmi lesquels les collemboles, peuvent tolérer les 2 systèmes (Neher & Barbercheck, 1999).

Le labour minimum conduit à une augmentation de l’abondance des collemboles en comparaison avec le labour conventionnel (Figure 1.2-7), mais il a peu d’effet sur la richesse spécifique de ces organismes (Brennan et al., 2006).

L’effet du labour sur les enchytréides, semble beaucoup plus faible que pour les vers de terre, en raison de leur plus petite taille et de la moindre perturbation de leur habitat par la pratique. Une augmentation de leur densité est parfois mesurée sous labour tout comme une modification de leur distribution verticale : lorsque le sol est retourné et les résidus enfouis, de fortes densités d’enchytréides sont trouvées à la profondeur de la semelle de labour (Didden et al., 1997).

Les nématodes omnivores et prédateurs sont également plus abondants sans labour (Yeates & Bongers, 1999

 

2.4.3.      Les microorganismes du sol

Le travail réduit du sol (travail superficiel) et l’absence de labour ont des effets positifs sur la densité, la diversité et la structure des communautés microbiennes mais la présence de résidus laissés à la surface du sol constitue des niches dans lesquelles peuvent se développer des agents phytopathogènes  mais aussi des microorganismes auxiliaires inhibant le développement des pathogènes (Bailey & Lazarovits, 2003). Une combinaison durée de la rotation-réduction du travail du sol permet de contrôler le développement de certains agents phytopathogènes d’origine tellurique (Peters et al., 2004). Plus généralement, à long terme, l’absence de labour et le maintien des résidus au sol créent des conditions favorables au développement des antagonistes et des prédateurs et aboutissent à un nouvel équilibre écologique stable, alors que l’exportation des résidus affaiblit le système (Govaerts et al., 2007).

 

2.5.         Etude de cas

99 études réalisées de 1990 à 2005 montrent que la biodiversité est préservée par les pratiques de l’agriculture biologique. Elles permettent notamment de fournir des habitats à des espèces menacées.

Les résultats de ces études sont rassemblés dans le tableau ci-dessous. Les valeurs indiquent le nombre des études pour lesquelles un effet positif, négatif ou mitigé de l’agriculture biologique sur la biodiversité pour un taxon a été noté.

 

Taxon

Effet positif

Effet négatif 

Effet mitigé / pas de différence

Oiseaux

7

 

2

Mammifères

2

 

 

Papillons

1

 

1

Araignées

7

 

3

Vers de terre

7

2

4

Scarabées

13

5

3

Autres arthropodes

7

1

2

Plantes

13

 

2

Microbes du sol

9

 

8

Total

66

8

25

 

D.G. Hole et al. 2005. Does organic farming benefit biodiversity? Biological Conservation 122:113–130)

Commentaire

D’une manière générale on constate que l’agriculture biologique est très bénéfique pour la diversité des vertébrés tels que les oiseaux et les mammifères. Les invertébrés tels que les araignées, les vers de terre, les scarabées et autres arthropodes de même que les microbes du sol sont très abondants en agriculture biologique. Les effets négatifs ou mitigés observés au niveau de ces derniers sont essentiellement dus au travail du sol, aux rotations des cultures et aux effets non intentionnels des biopesticides.

 

III.              Etude comparée de l’impact de l’agriculture biologique et de l’agriculture conventionnelle sur la biodiversité

La meilleure qualité de paysage généralement associée à l’agriculture biologique se traduit aussi par une plus grande diversité des biotopes existant sur les exploitations agrobiologiques. Les terres et soles de culture y voisinent avec des aires non cultivées plus nombreuses et variées qu’en agriculture conventionnelle. Certaines constituent des éléments de continuité spatiale facilitant la communication entre les différentes parties de l’exploitation, utiles pour le déplacement de certains êtres vivants. L’ensemble de ces conditions, avec l’absence d’intrants chimiques, favorise le développement d’une diversité biologique plus grande en agriculture biologique qu’en agriculture conventionnelle, comme beaucoup d’études l’ont montré (MacNaeidhe et Culleton, 2000 ; Stolze et al., 2000 ; The Soil Association, 2000 ; Alföldi et al., 2002).

3.1. La faune et les microorganismes du sol

3.1.1.      La pédofaune

Dans le sol, les populations d’organismes se comportent différemment selon qu’on se trouve en agriculture conventionnelle ou en agriculture biologique.

Une équipe de chercheurs suisses a évalué l’impact de l’usage de pesticides sur la composition organique du sol. Ils ont effectué une série de cultures en alternant plusieurs types de plantations sur des parcelles cultivées selon des méthodes traditionnelles et selon des pratiques biologiques interdisant tout traitement phytosanitaire. Pour laisser le temps aux microorganismes de se développer et au sol de se régénérer, l’expérience a été conduite sur plus de vingt ans. Au terme de leur étude, ils ont examiné le contenu en matière organique du sol pour les deux types de cultures. Ils ont observé que la microfaune du sol était jusqu’à 25 % plus abondante et plus diversifiée dans les parcelles cultivées de manière biologique par rapport à celles ayant reçu des substances chimiques.

En étudiant le sol sous culture de tomate, en Californie, Clark (1999) a observé un plus grand nombre d’individus et d’espèces de carabes (un important groupe de prédateurs utiles du sol) en agriculture biologique qu’en agriculture conventionnelle ; six des dix-sept espèces inventoriées n’existant que dans le sol d’agriculture biologique. De la même façon, le nombre d’individus et le nombre d’espèces de vers de terre sont plus élevés dans les sols en agriculture biologique qu’en agriculture conventionnelle (Stolze et al., 2000). Ceux-ci peuvent être considérablement réduits en présence de pesticides dans les systèmes intensifs en agriculture conventionnelle (Paoletti, 1999a).

3.1.2.      Les microorganismes du sol

Une étude menée par Moeskops et al., (2010) compare les effets de l’horticulture biologique et conventionnelle sur la dynamique des microbes du sol à Java, en Indonésie. Un impact négatif de l’utilisation intensive des engrais chimiques et des pesticides sur l’activité enzymatique dans les sols a été mis en évidence. Selon cette étude,  à l’exception de l’acide phosphomonoestérase, l’activité des enzymes dans le sol est nettement inférieure en agriculture conventionnelle comparativement à l’agriculture biologique. En se basant sur la quantité totale d’acides gras dans le sol, tous les groupes de micro-organismes considérés (bactéries, actinomycètes, mycorhizes et autres champignons) étaient significativement plus représentés dans les sols de l’agriculture biologique que ceux sous agriculture conventionnelle.

Des expériences menées par Bulluck et al. (2001.)  ont permis d’étudier les effets des engrais chimiques et organiques sur les micro-organismes des sols et les propriétés physico-chimiques de ces sols sur trois parcelles en agriculture conventionnelle et organique  en 1996 et 1997.

Le précédent cultural a affecté la densité des spores de champignons du genre Trichoderma  sur les deux années. Le nombre d’espèces de Trichoderma était plus élevé en 1996 sur les sols ayant un précédent d’agriculture biologique que les sols en agriculture conventionnelle. De plus, le nombre de spores est resté plus élevé dans le temps dans les sols en agriculture bio comparativement à ceux en agriculture conventionnelle.

Par ailleurs, la densité des spores de micro-organismes thermophiles était significativement plus élevée dans les sols ayant reçu des amendements organiques que dans les sols fertilisés avec des intrants de synthèse.

Les bactéries du sol ont été également affectées par les types d’engrais apportés sur les deux années. Les sols ayant reçu une fertilisation organique avaient un effectif de bactéries deux fois supérieur à celui enregistré au niveau des sols sous fertilisation chimique.

 

3.2.   Les adventices

Plusieurs auteurs ont montré que les cultures biologiques peuvent tolérer une densité de mauvaises herbes plus élevée que les cultures conventionnelles, sans différence de rendement significative (Belde et al., 2000). La plus grande abondance d’adventices existant avec l’agriculture biologique s’accompagne généralement d’une plus grande diversité d’espèces, parmi lesquelles peuvent se trouver des espèces rares ou écologiquement bénéfiques (Albrecht et Mattheis, 1998). Les rhizobactéries plus abondantes dans les sols les plus riches en matière organique, ce qui est généralement le cas avec l’agriculture biologique  par rapport à l’agriculture conventionnelle, peuvent aussi avoir un effet toxique et inhiber le développement d’adventices, surtout dans le cas de systèmes de rotation intégrant des engrais verts.

 

3.3.   Les ravageurs et insectes utiles

La diversité des habitats non cultivés parmi les champs de culture, associée à un paysage complexe mais cohérent, favorise le développement d’ennemis naturels des ravageurs des cultures.  Cette présence accrue d’insectes auxiliaires assure une meilleure protection des cultures et diminue l’intérêt d’utiliser des insecticides.

Thies et Tscharntke (1999) ont ainsi constaté que Meligethes aenues, un important ravageur du colza, se trouve plus fortement parasité et cause de plus faibles dommages aux cultures dans des systèmes comportant un plus grand nombre d’espèces de plantes sauvages. Les plantes en culture biologique sont souvent plus tolérantes aux attaques d’insectes que les cultures conventionnelles et subissent moins de dommages par rapport au nombre de ravageurs présents (Lotter et al., 1999).

Dans leur étude comparative réalisée en Californie, Letourneau et Goldstein (2001) ont constaté qu’il n’y avait pas de différence de niveau de dommage pour les cultures de tomates entre agriculture biologique et agriculture conventionnelle ; mais les tomates biologiques étaient associées à une bien plus grande diversité d’espèces d’arthropodes appartenant aux principaux groupes fonctionnels d’herbivores, de prédateurs et de parasites.

Par ailleurs, des études réalisées en serre ont montré que des plantes placées sur des sols issus d’agriculture biologique sont également plus résistantes aux attaques et réduisent de façon significative le taux de reproduction et la longévité des insectes (Sogatella furcifera sur riz, Ostrinia nubulalis sur maïs), par rapport aux plantes situées sur des sols comparables mais issus d’agriculture conventionnelle (Kajimura et al., 1995 ; Phelan et al., 1996 ; Phelan, 1997). La plus grande sensibilité des plantes aux insectes herbivores est corrélée à des teneurs plus élevées en azote dans ces plantes (Phelan et al., 1996 ; Phelan, 1997), de même qu’à une plus grande quantité d’acides aminés libres présents (Hedin et al., 1993). Ces paramètres augmentent eux-mêmes avec les apports d’engrais azotés, qui sont généralement élevés en agriculture conventionnelle. Le riz biologique a non seulement des teneurs en acides aminés libres plus faibles mais aussi des parois cellulaires plus épaisses que le riz conventionnel, se trouvant de ce fait moins sensible aux insectes (Hirai et Kimura, 1979).

Dix  études citées par Hole et al. (2005) indiquent une plus forte abondance des insectes auxiliaires et des araignées dans les cultures en agriculture biologique, comparée aux cultures protégées au moyen de pesticides chimiques. Par ailleurs, le déclin des espèces pollinisatrices, hyménoptères et diptères, très largement documenté dans la communauté scientifique, est attribué pour partie à l’utilisation des pesticides, mais également à la fragmentation des habitats et à la réduction des ressources alimentaires liées à la diversité végétale.

La disparition progressive des colonies d’abeilles, notamment dans les pays industrialisés serait principalement due à l’utilisation des pesticides chimiques ou biologiques. Des indices suggèrent que des champignons parasites utilisés pour la lutte biologique, et certains pesticides du groupe des néonicotinoïdes, interagissent entre eux et en synergie pour provoquer la destruction des abeilles. Pour éviter les épandages incontrôlables, les nouvelles générations d’insecticides enrobent les semences pour pénétrer de façon systémique dans toute la plante, jusqu’au pollen que les abeilles rapportent à la ruche, qu’elles empoisonnent. Même à faible concentration, l’emploi de ce type de pesticides détruit les défenses immunitaires des abeilles.

Pour preuve, des champignons parasites de la famille des Nosema sont présents dans un grand nombre d’essaims en cours d’effondrement où les butineuses, apathiques, ont été retrouvées infectées par une demi-douzaine de virus et de microbes.

La plupart du temps, ces champignons sont incorporés à des pesticides chimiques, pour combattre les criquets (Nosema locustae), certaines teignes (Nosema bombycis) ou la pyrale du maïs (Nosema pyrausta). Mais ils voyagent aussi le long des voies ouvertes par les échanges marchands, à l’image de Nosema ceranae, un parasite porté par les abeilles d’Asie qui a contaminé ses congénères occidentales tuées en quelques jours. C’est ce qu’a démontré dans une étude conduite sur l’ADN de plusieurs abeilles l’équipe de recherche de Mariano Higes installée à Guadalajara, une province à l’est de Madrid réputée pour être le berceau de l’industrie du miel espagnol. Selon lui, ce parasite est le plus dangereux de la famille. Il peut résister aussi bien à la chaleur qu’au froid et infecte un essaim en deux mois.

 

3.4.    Maladies

Il a été constaté avec la tomate et avec la vigne (Lotter et al., 1999) que les maladies affectant les racines des cultures sont généralement moins développées en agriculture biologique qu’en agriculture conventionnelle. L’apport de matière organique suffisamment bien évoluée, avec des valeurs du rapport C/N optimales de l’ordre de 12 (Lotter, 2003), permet de réduire ces maladies des racines, notamment les Pythium et Phytophthora, en favorisant le développement de micro-organismes antagonistes, bénéfiques dans le sol. Avec l’apport régulier de compost et l’existence d’une biomasse microbienne du sol plus importante et active, l’agriculture biologique peut offrir, par rapport à l’agriculture conventionnelle, des conditions plus favorables aux phénomènes de compétition et d’antagonisme contre ces maladies. La présence de mycorhizes vésiculaires et arbusculaires sur les racines contribue aussi à les protéger contre les champignons pathogènes; ce peut être également le cas avec les cultures biologiques qui sont justement plus fortement mycorhizées que les cultures conventionnelles (Mäder et al., 2000).

Des apports de compost sous forme solide ou en applications aqueuses sous forme de jus de compost se sont révélés bénéfiques pour renforcer la résistance des plantes, en stimulant leur capacité à produire des substances réduisant le développement des maladies pathogènes et des attaques d’insectes (Fuchs, 2003). Il est à souligner que dans le cas d’apport de compost au sol susmentionné, la résistance de la culture de concombre se trouve améliorée aussi bien contre l’anthracnose que contre la pourriture des racines dans le sol (Pythium). En revanche, les herbicides utilisés en agriculture conventionnelle peuvent être une cause de diminution de résistance aux maladies, comme cela a été montré pour le glyphosate qui peut inhiber la résistance de la culture à laquelle il est censé profiter (Descalzo et al., 1998). Des études réalisées sur le haricot à ce sujet montrent que les réactions de défense contre différents Pythium sont alors fortement diminuées du fait d’une réduction du processus de lignification au niveau des racines et d’une altération de la composition des exsudats racinaires de la plante (Liu et al., 1997).

 

3.5.   Les plantes cultivées

L’agriculture biologique s’efforce, davantage que l’agriculture conventionnelle, de développer la biodiversité spatiale et temporelle. Elle s’appuie autant que possible sur les savoirs locaux et peut participer à la réhabilitation d’aliments traditionnels et de plantes cultivées bien adaptées aux conditions locales, mais plus ou moins tombées en désuétude. Ce sont par exemple des espèces de légumes anciens en Europe, mais il peut s’agir aussi de l’amarante (graines de trois espèces d’Amaranthus) des Aztèques au Mexique, ou de la passerage (racine de Lepidium meyenii) des Incas au Pérou et en Bolivie (Barbault, 2002). Et il n’est pas exclu, non plus, de pouvoir domestiquer en agriculture biologique certaines plantes sauvages tropicales comestibles ayant un potentiel de culture vivrière, telles que le haricot ailé de Nouvelle-Guinée (Psophocarpus tetrogonolobus) dont toutes les parties aériennes sont comestibles ou « l’arbre de vie » des Amérindiens d’Amazonie (Mauritia flexuosa) dont les fruits, les pousses et la moelle sont comestibles. En raison de ses conséquences bénéfiques sur la biodiversité, l’agriculture biologique répond bien aux exigences des aires protégées, dédiées à la protection et à la conservation de la diversité biologique mais où des activités agricoles peuvent être maintenues. Elle est aussi tout à fait appropriée dans les zones tampons bordant ces aires protégées : comme cela se fait avec des cultures de caféiers biologiques sous ombrage, au Salvador, ou encore dans les zones bordant des réserves intégrales, comme dans le cas du sanctuaire forestier d’Ampay, au Pérou (Alföldi et al., 2002).

L’agriculture conventionnelle moderne a considérablement réduit le nombre d’espèces et surtout de races d’animaux et de variétés de plantes utilisées pour la production agricole (Alföldi et al., 2002).

La fertilisation des parcelles cultivées a eu pour conséquence une certaine homogénéisation des milieux en terme de disponibilité en nutriments qui a entraîné la disparition des espèces adaptées aux milieux pauvres en nutriments.

Dans le cas particulier de la fertilisation azotée, l’ajout de nitrates, en plus d‘avoir eu un effet « herbicide », a d’une part fortement favorisé le pouvoir compétitif des variétés cultivées sélectionnées dans cette optique, d’autre part favorisé des plantes adventices généralistes ou nitrophiles qui ont profité de ce pool de nutriments supplémentaires. La fertilisation azotée est donc considérée comme un des principaux facteurs responsables de la baisse de la richesse spécifique dans les parcelles, mais aussi dans les bordures adjacentes.

L’agriculture biologique, au contraire, recherche et travaille avec les races et les variétés locales, mieux adaptées pour résister aux maladies, aux ravageurs et à d’autres contraintes comme les stress climatiques, sans s’interdire pour autant l’usage de variétés et races modernes. Nombre de banques de semences et de programmes de conservation des variétés locales dans le monde sont liés à l’agriculture biologique ; comme dans le cas du projet de développement rural et d’agriculture durable de Gilgil, au Kenya, où les semences locales ont révélé un comportement bien meilleur dans les conditions de sécheresse sévère (Wairegi, 2000, cité par Alföldi et al., 2002). À Cuba, l’exemple de la culture de giraumon (variété de courge) montre aussi que des variétés locales sélectionnées peuvent fournir d’aussi bons rendements (8-10 t/ha) en agriculture biologique que des variétés modernes en agriculture conventionnelle, mais avec quatre fois moins d’énergie consommée. Le travail de sélection et d’amélioration suscité par la démarche de l’agriculture biologique contribue à valoriser et à enrichir le patrimoine génétique agricole à l’échelle locale, tout en participant à la sauvegarde et à la réhabilitation de races et de variétés « de pays » souvent menacées. Ce travail contribue, d’une façon plus générale, à la conservation et au développement de la diversité biologique souvent mise à mal par l’agriculture conventionnelle.

 

L’agriculture biologique  ne participe pas à la diffusion d’organismes génétiquement modifiés (OGM), dont elle s’interdit l’usage. Les produits biologiques ne sont pourtant pas, pour autant, assurés d’être totalement exempts d’OGM. Ils peuvent, en effet, subir des contaminations ayant différentes causes : l’utilisation de semences déjà contaminées, le contact avec des OGM dû à l’échange de matériel de culture entre exploitations ou au cours des traitements et conditionnements postérieurs à la récolte, le transport de pollen; cette dernière cause étant certainement la plus difficile à éviter. L’absence des risques associés à la culture d’OGM peut aussi être portée au crédit de l’agriculture biologique. Ce sont, par exemple, les dommages que peuvent subir des populations d’insectes utiles en présence de plantes OGM résistantes à certains insectes, les risques de pollution transgénique vers des espèces de plantes sauvages, susceptibles d’entraîner une utilisation accrue de pesticides, ou même le risque que certaines cultures résistantes se répandent dans la nature de façon incontrôlée et mettent en danger la flore indigène. Cela se serait déjà produit avec un colza OGM résistant à trois herbicides, devenu une des adventices les plus gênantes au Canada (Spears, 2001). Il ne faut pas non plus écarter le risque de voir des cultures OGM produisant les toxines BT (Bacillus thuringiensis) entraîner le développement involontaire de lépidoptères ravageurs résistants à ces toxines et rendre inefficace l’utilisation de Bacillus thuringiensis pour la lutte biologique, notamment en agriculture biologique.

 

 

Conclusion

La conservation de la biodiversité est très importante pour le maintien de l’équilibre des écosystèmes et une durabilité de l’agriculture. Cependant, durant  plusieurs décennies, l’agriculture a pratiqué une surexploitation abusive des ressources naturelles pour satisfaire les besoins croissants de la population. Aujourd’hui, l’agriculture biologique, à travers un certain nombre de pratiques essaie autant que  de restaurer les équilibres des écosystèmes et de garantir un respect des cycles naturels et une durabilité des systèmes agricoles. Cependant, certaines pratiques de cette agriculture ont encore un impact négatif sur la biodiversité. Il convient donc de rechercher des palliatifs pour améliorer l’agriculture et contribuer à une meilleure conservation de la biodiversité.